قطب الدین مبارزین مظفر الدین محمد، نظام الدین حسن برادر زاده قطب الدین مبارز، نصرت الدین ابراهیم برادر نظام الدین حسن، جالا الدین طیب شاه، مظفر الدین محمد بن طیب شاه، بهاء الدین اسماعیل عموی مظفر الدین، ناصر الدین محمود فرزند قطب الدین مبارز، غیاث الدین محمد فرزند جلال الدین طیب شاه، نظام الدین حسن فرزند جلال الدین طیب شاه، نصرت الدین ابراهیم همراه با نظام الدین حسن، رکن الدین حسن بن هزار اسب، تاج الدین جمشید و بالاخره ملک اردشیر.
در اوان حکومت ایلخانان مغول در ایران مظفر الدین محمد پدر قطب الدین مبارز با هلاک و به مخالفت برخاست. هلاگو سپاهی به فرماندهی تکونجه به جنوب فرستاد و پایتخت شبانکاره را در ۶۵۸ هجری به محاصره در آورد و محمد با تیر مغولان کشته شد.
آن گاه قطب الدین زیر نظر شحنه های مغولی به حکومت گمارده شد و حکم و فرمان حکومتی را از هلاگو دریافت کرد.(۶۵۹ ه.ق)
با قتل قطب الدین توسط برادرانش،نظام الدین حسن نوه مظفر الدین محمد فرمان حکومت را از هلاگو گرفت. او در رکاب مغولان در جنگ با حاکم فارس در کازرون کشته شد. (۶۶۲ ه.ق) هنگامی که وی را در قلعه دارالامان ایج دفن کردند. نصرت الدین ابراهیم برادر نظام الدین حسن با حمایت امیر التاجو به حکومت شبانکاره رسید. در اصل او بود که فرمان حکومتی نصرت الدین را از هلاگو گرفت. ابراهیم بیش از دو سال حکومت نکرده بود که در سال ۶۶۴ ه. ق مقتول گردید. فرمان حکومت جلال الدین طیب شاه را هلاگو صادر کرد ۶۶۵ ه.قدر زمان وی ود که هلاگو درگذشت و اباقاخان به ایلخانی رسید. او به علت خدمات جلال الدین وی را به حکومت شبانکاره فرمان داد. جلال الدین پس از ۱۲ سال حکومت به قتل رسید ۶۷۷ ه.ق و پس از او مظفر الدین بن طیب شاه از احمدخان تکودار فرمان حکومت شبانکاره را دریافت کرد. او به علت فسادی که برپا کرد عزل شد و در ۷۲۶ ه.ق وفات یافت.
بهاء الدین اسماعیل حکم امارتش را از ارغون شاه گرفت و پس از س سال حکومت در ۷۱۲ ه.ق در گذشت. ناصرالدین محمود فرزند قطب الدین بن الدین محمد فرمان حکومتی شبانکاره را از گیخاتوخان گرفت و سیف الدین برادرش هم به نائبی او برگزیده شد.
حکم غیاث الدین محمد بن طیب شاه را غازان خان پس از مرگ ناصر الدین محمود صادر کرد. او پس از پانزده سال حکومت در ۷۰۹ ه.ق در گذشت. نظام الدین حسن پس از برادرش فرمان حکومت شبانکاره را از سلطان الجایتو گرفت و با مرگ الجایتو با تائید ابوسعید همچنان بر حکومت شبانکاره باقی ماند تا این که در ۷۳۵ ه.ق مسموم گردید.
در زمان غازان خان امیر مظفر نامی از خادمان او که مدتی والی میبد بود مامور سرکوبی شبانکارگان شد. امیر مظفر توانست آن سرزمین را فتح کند. ولی به توطئه ی ساکنان قلعه ایج کشته شد. در این جریان مرکز شبانکارگان به سختی آسیب دید و ارگ قلعه کاملاً خراب شد(۷۱۳ه.ق)
عصر الجاتیو عصر مشکلات درون درباری بود زیرا اختلافات عمیقی بین رشید الدین فضل ا… و تاج الدین علیشاه دو وزیر الجاتیو وجود داشت. الجاتیو برای حل اختلافات تصمیم گرفت قلمرو خود را به دو بخش تقسیم کند و اداره امور هر بخش را به وزیری بسپارد. در این تقسیم بندی شبانکاره تحت نفوذ و اداره رشید الدین قرار گرفت. در این زمان قاضی عضد الدین در ایج عالمی بزرگوار و فاضل و مشهور بود که احترام و آوازه فضل و دانشش بگوش سلاطین آن عصر رسیده بود و مورد توجه بزرگان قرار داشت. سلطان هند به نام محمد شاه گورکانی مبلغ ده هزار دینار به شبانکاره فرستاد تا به قاضی عضدالدین دهند شاید وی به هند رود لیکن قاضی عضد هرگز نپذیرفت و سلطان هم اصلا نتوانست او را ببیند.
در عصر الجاتیو صورت خراج قلمرو شبانکاره ۲۶۶۱۰۰ دینار بود و از جمله خدمات رشید الدین فضل ا… به این سرزمین می توان از وقف ۱۰۰ فدان زمین جهت دو مدرسه شبانکاره و متولی آن نام برد.( ۷۰۰تا۷۱۸ ه.ق )
با مرگ الجاتیو، سلطان ابوسعید به ایلخانی رسید نائب او به نام دمشق خواجه فرمان حکومت شبانکاره را برای نصر الدین ابراهیم بن بهاء الدین گرفت که پس از مدتی با مرگ وی در ۷۲۹ ه.ق علی پاشا، دائی ابو سعید، فرمان شبانکاره را به تاج الدین جمشید داد تاج الدین با مرگ ابوسعید تابعیت محمود شاه اینجورا پذیرفت و سپس با ملک رکن الدین حسن بن هزار اسب متفقاً شبانکاره را اداره کردند، حکومت آنان تا ۷۴۲ ه.ق ادامه یافت.
پس از در گذشت سلطان ابوسعید فرزندش اریاخان وکیل خاصه او را که امیر محمود نام داشت به قتل رساند. فرزند امیر محمود به نام امیر شیخ ابواسحاق به دائی پادشاه (ایلخان) پناهنده شد که امیر علی خان نام داشت. با مرگ اریاخان امیر شیخ به فارس رفته و در شیراز به حکومت نشست. امیر مسعود برادر امیر شیخ با همراهی فرد دیگری به نام امیر باغی باستی – فرزند امیر چوپا – ن قصد فارس کردند و به شیراز هجوم آوردند به گونه ای که امیر شیخ مجبور به ترک شیراز شد و به شبانکاره پناه برد. در این زمان امیر باغی بایستی به امیر مسعود خیانت کرده و او را به قتل رسانید. شیخ ابواسحاق به خوانخواهی برادر سریعاً به شیراز بازگشت و با کمک مردم امیر یاغی را از شهر رانده و حکومت فارس را به طور کامل در اختیار گرفت. از این زمان حکومت اینجویان در فارس به طور رسمی آغاز شد.
در طول این مدت شبانکاره نیز از این درگیری ها بی نصیب نبود. پسر عموی سلطان ابوسعید به نام حاجی کاون امیر عراق عجم بود و برادر او به نام موسی حکومت یکی از ولایات آن جا را به عهده داشت. چون حاجی کاون بدربار سلطان هند رفت مورد احترام فراوان قرار گرفت و در آن جا صاحب ثروت بی حدی شد. او هنگامی که قصد بازگشت به عراق عجم کرد موسی برادرش در گذشته بود و شخصی به نام سلیمان خان به جای وی نشسته بود. حاجی با رسیدن به عراق عجم ارث برادرش را طلب کرد و مدعی حکومت شد. او لشکریانی فراهم آورد و به فارس حمله کرد. در این حمله وی در بیرون شبانکاره (ایج و قلعه دارالامان) که امام عضد الدین قبلا در آن جا زندگی می کرد اردوی خویش را فرود آورد و شهر را محاصره کرد بزرگان شهر که ساعتی در پیشواز وی تاخیر کرده بودند چون به حضور حاجی رسیدند مورد عتاب قرارگ رفتند و هر چه عذر خواهی کردند قابل قبول واقع نشد. آخر الامر حاجی کاون به سربازان خود فرمان قتل آنان را داده و همگی به قتل رسیدند. امرای اطراف شبانکاره چون این خبر را شنیدند خشمیگن شده و جریان را به شمس الدین سمنانی که در زمره امراء بوده و از فقیهان بزرگ به شمار می آید گزارش کردند. با استمداد طلبی آنان از شمس الدین و پذیرش وی مردم به خون خواهی کشتگان شبانکاره قیام کردند و بر سپاه حاجی شبیخون زدند حاجی در کاخ شهر محاصره شد و به قتل رسید.
فرزند امیر مظفر(همان افسری که قبلا از دربار غازان خان به شبانکاره لشکر کشیده بود) امیر مبارزالدین نام داشت. او توانست در دربار سلطان ابوسعید صاحب قدرت شده و از طرف او به حکومت یزد برگزیده شود این سرزمین در کنار قلمرو شبانکارگان قرار می گرفت و از طریق آنان با فارس مرتبط می شد. در نظر امیر مبارز الدین شبانکاره محل زندگی مردمانی بود که در گذشته در توطئه قتل پدرش دست داشت. بنابراین همواره در صدد فتح آن سامان بود. مبارزالدین سرانجام با فتح کرمان به شبانکاره هجوم آورد و قلعه ایج را تصرف کرد. این کار خرابی کامل ایج را به دنبال داشت و باعث شد قصبه اصطهبانات که در نزدیکی ایج قرار داشت رو به آبادانی برود و مرکزیت این منطقه را به دست آورد.
اکنون مرزهای نفوذ امیر مبارزالدین در کنار قلمرو شیخ ابواسحاق اینجو قرار داشت. این موضوع از نظر شیخ دور نماند. او بکرات به سوی کرمان و یزد لشکر روانه کرد ولی کاری از پیش نبرد. امیر مبارز الدین که هر بار حملات شیخ را پاسخ داد خود تصمیم به سرکوبی امیر شیخ و فتح شیراز گرفت. او توانست بعد از سه سال در ۷۵۸ ه.ق امیر شیخ را به قتل رساند و شیراز را فتح کند. با این کار حکومت آل مظفر بر فارس مستولی شد.
بعد از اولین هجوم امیر مبارزالدین به شبانکاره در سالهای بعد ظاهرا شورشهایی ازجانب شبانکارگان صورت می پذیرد. رهبریت این شورش با فردی به نام ملک اردشیر بوده است. ملک اردشیر فردی شجاع از خانواده ی امیران شبانکاره بود که تصور می کرد همچون گذشتگان می تواند با مظفریان برخورد کند. از این رو با همراهی و حمایت افرادی از شبانکاره، دارابگرد، ایج و اصطهبانات دست به شورش بر علیه امیر مبارزالدین زدند.
امیر مبارز الدین فرزندش را به سرکوبی قیام ملک اردشیر به شبانکاره فرستاد. در نبردی که بین طرفین واقع شد ملک اردشیر شکست خورد و با قتل وی سلسله شبانکارگان پس از ۳۰۰ سال حیات سیاسی و ملی در شرق فارس به طور کامل منقرض شد.(۴۴۸-۷۵۶ ه.ق)
البته نسبت ملک اردشیر که از سال ۷۴۳ تا۷۵۴ ه.ق در شبانکاره حکومت می کرد با دیگر ملوک شبانکاره به درستی معلوم نشده است اما بر مبنای آنچه منابع ذکر کرده اند وی آخرین فرد از خاندان ایرانی محسوب می شود.
در سال ۷۸۸ شاه شجاع فرزند امیر مبارزالدین که آخرین سالهای حکومت خود برفارس و شبانکاره را می گذارند نامه ای به تیمور گورکانی نوشت و سرپرستی فرزندان خود را به او سپرد و این گونه فارس و شبانکاره را منقاد امیر مقتدری چون او قرار داد. در ۷۹۵ ه.ق شاه منصور آخرین امیر آل مظفر سر از فرمان تیمور پیچید و طی جنگی که رخ داد شاه منصور شکست خورد و به قتل رسید و سلسله مظفریان برافتاد. تاپایان عهد تیموری فارس و شبانکاره جزء مستملکات این دولت بود.
اوزون حسن در ۸۷۳ ه.ق با سرکوبی کامل ابوسعید تیمور و فتح کامل ایران دولت تیموری را برانداخت و دولت ترک آق قویونلو را بنیاد نهاد. او فارس را به فرزندش اوغورلو محمد واگذار کرد. در این زمان شبانکاره در تقسیمات سیاسی ایران جزئی از فارس محسوب می شد. این سرزمین هر چند شهرتی را که در گذشته به واسطه ی دولت محلی و استقلال سیاسی اش داشت از دست داده بود اما همچنان مورد توجه سلاطین عصر قرار داشت، چنان که سلطان یعقوب بیگ، فرزند اوزون حسن که سیزده سال بر ایران حکومت کرد و به سلطان یعقوب بهادر سورو شهرت داشت در فرمانی که به سال ۸۹۳ ه. ق به شبانکاره ،کربال،فسا و دارالملک شیراز نوشت تاسیس مدرسه علمیه شیراز را به آنان واگذار کرد. در زمان همین امیر آق قویونلو بود که شیخ حیدر پدر شاه اسماعیل صفوی به قتل رسید.
عهد تیموری و آق قویونلو چندان طولانی نبود و صفویان طی تلاشهائی که از خیلی قبل تر از این دوران آغاز کرده بودند حکومت خویش را در ۹۳۰ه.ق آغاز کردند. شاه اسماعیل صفوی در مسیر فتح ایالات ایران و سرکوبی شورش مخالفان به خصوص مشعشعیان خوزستان بعد از فتح لرستان به طرف مملکت فارس حرکت کرد. او در قصبه دارابجرد به واسطه ی وفور صید شکار توقف کرده و پس از چند روز شکار به طرف شیراز حرکت کرد. در این زمان بیش از ۱۷۰ سال از عمر قصبه اصطهبانات می گذشت.