در عصر قاجاریه نه تنها مردم اصطهبانات بلکه مردم کل ایران حوادث ناگواری را از سرگذراندند. اگر از حوادث گسترده و پر اهمیتی که برای کشورمان رخ داد بگذریم از قتل عامهای وحشتناکی که در سرزمینمان صورت گرفت نمی توان چشم پوشید قتل عامهائی که دو مورد آن گریبانگیر خاک پاک استهبان گشت.
در سال ۱۲۹۱ ه.ق در عصر استبداد قاجاریه، فقر،بیکاری، جهل، بی سوادی و بهره وری بیش از حد ضعفا در این سرزمین به اوج خود رسید. و در کار به جائی کشید که مردم اصطهبانات به درگیری و مبارزه پنهان و آشکار باعمال حکومتی دولت قاجاری پرداختند. گزارشات منابعاین عصر از اوضاع نابسامان این منطقه اطلاعات ذیقیمتی را در اختیار ما می گذارند. شخصی به نام آقا بزرگ اصطهباناتی در سال ۱۲۹۱ ه.ق ضابطه (مامور مالیاتی و مباشر) اصطهبانات بود که پیوسته باقوام الملک والی فارس درگیری داشت.
او در همین سال به داراب تبعید شد ولی از طرف حکومت مرکزی دوباره به ضابطی اصطهبانات بازگشت.
سال بعد مردم با کمک او توانستند ۱۵۰۰ تومان تخفیف مالیاتی بگیرند. در این اثنا شخص دیگری ازجانب دولت مرکزی مامور بلوک اصطهبانات و نظارت بر دریافت مالیاتی آن جا شد. در سال ۱۳۰۱ ه.ق خواهر زاده صاحب دیوان فارس به ضابطی اصطهبانات انتخاب شد ولی مردم شهر وی را نپذیرفتند و از مرکز خواستند که بدون نظارت ضابطه خودشان مالیات سالانه را بپردازند. صاحب دیوان پذیرفت ولی بعد از مدتی بر خلاف قولش ابوالقاسم خان فرزند خواهرش را به اصطهبانات فرستاد. مردم وی را به شهر راه ندادند بر این اساس اغتشاش وسیعی در منطقه به وجود آمد. سال بعد ملا محمد باقر اصطهباناتی یکی از علمای بزرگ فارس از صاحب دیوان و نوع حکومتش به مرکز در تهران نامه نوشت و شکایت کرد. این عمل اغتشاشات را دامنه دارتر کرده به گونه ای که اهل اصطهبانات چند نفر از ماموران اقوام الملک را به قتل رساندند.
قوام الملک جریان را به صلاحدید خود به تهران گزارش داد. در تلگراف ظل السلطان به قوام الملک فرمان رسید که: سوار بفرستند و اصطهبانات را بچایند و اشرار را بگیرند و عیالشان را اسیر کرده و به شیراز بیاورند. فرمان اجرا شد و گروه زیادی از کودک و بزرگسال این شهر از هجوم ارتشیان مقتول یا از گرسنگی و تشنگی در کوههای اطراف شهر هلاک شدند.
این سرکوبی نان شدید شد که تا چندین سال بعد مردم اصطهبانات توانائی اعتراض در برابر ستمگریهای دولت قاجاریه را از دست دادند به خصوص که مصیبت بیماری و با هم در سال ۱۳۱۰ ه.ق گریبان گیر مردم شد. این بیماری تا فرا رسیدن زمستان آن سال گروه زیادی از مردم را به کام مرگ برد.
در سال ۱۳۱۷ هجری قمری ما دیگر بار شاهد اغتشاشات بزرگی در اصطهبانات هستیم. این بار دامنه و شدت حرکات بیشتر بوده است به طوری که حکومت از برقراری نظم در منطقه کاملا بازمانده و از شیراز شخصی به نام مظفر نظام با چندین سرباز مامور دفع و سرکوبی شورشیان اصطهبانات می شوند. مظفر نظام چون دامنه درگیری و شورش را وسیع می بیند از شیراز درخواست توپ و سرباز بیشتری می کند. نیروی کمکی و تجهیزات آماده شده و برای وی به اصطهبانات می فرستند. مظفر نظام در اولین اقدام شهر را به توپ می بندد و در این بمباران بسیاری از منازل مسکونی تخریب می گردد. منابع قاجاری تعداد کشتگان را۲۰الی ۳۰ نفر ذکر می کنند. شهر با وجود گلوله باران و تخریب کلی و قتل گروه زیادی از مردم باز آرام نمی شود ولی به هر صورت مردم از ادامه مقاومت در برابر نظامیان وا می مانند سال بعد ۱۳۱۸ ه.ق مردم برای دادخواهی و انعکاس جریانات به مقامات کشوری به شیراز آمده و در مسجد نو بست می نشینند. شکایت آنان از فتح الملک حاکم اصطهبانات و مظفر نظام مسئول قتل عام شهر بوده است. ولی دادخواهی شان به جائی نمی رسد.
در این شرایط اجتماعی و سیاسی آنچه دردناک تر است این که در ایران دراین دوره از لحاظ حضور دولت مردان دلسوز و خدمتگذار قحط الرجال است که مظلومان مجبورند از ظلم ظالم به خود ظالم شکایت برند. متون عصر قاجاری در مورد این شهر جز این ستمگریها و ستم کشی ها چیزی مطرح نکرده اند.