یکی از مهم ترین جریانات اصطهبانات در عصر صفویه حادثه شورش جمعی از مردم این قصبه به سال ۱۰۰۲ ه.ق است. این سال که مقارن با هفتمین سال جلوس شاه عباس بزرگ به تخت سلطنت ایران بود حرکت سیاسی- مذهبی نقطویان از طرف حکومت صفوی مورد هجوم شدید قرار گرفت و تعقیب و کشتار این گروه به شدت رایج شد. در اصطهبانات نیز چند نفر از بزرگان نقطویه دستگیر و اعدام شدند.
عصر صفویه در تاریخ مردم استهبان دوره قابل توجهی است. (۹۳۰-۱۱۴۰ ه.ق) زیرا آثار عصر صفوی اعم ازکاروانسراها، برکه ها و مساجد به خصوص مسجد جامع استهبان حکایت از توجه دولت وقت به آبادانی این منطقه دارد. شاید در یک نظر کلی بتوان بین این آبادانی (احداث بناهای خیریه مانند مساجد و آب انبارها) با حرکت نقطویان بر علیه دولت صفوی و سرکوبی آنها در استهبان رابطه ای منطقی یافت به این معنی که صفویان برای جلب توجه عوام استهبان رابطه ای منطقی یافت به این معنی که صفویان برای جلب توجه عوام و جذب آنان، به حکومت خود و همچنین برای ایجاد جو تبلیغاتی بر علیه اندیشه های مذهبی سیاسی مخالف (مانند نقطویه و مشعشعیان) دست به آبادانی زدند و به احداث بناهای عام المنعه پرداخته اند. مسلماٌ اثبات این مطلب بررسی بیشتری می طلبد. از مهم ترین حوادث سالهای پس از زوال دولت صفوی حدود (۱۱۴۲ه.ق) در این جا فرار اشرف افغان از برابر سپاه نادر قلی خان سردار شاه طهماسب صفوی از طریق سرپل فسا و صابونات بوده است.